工程企業應用工程管理軟件的主要問題是:

　　1.信息化建設敷衍應對態度強，企業認為信息化建設可有可無，項目管理信息化建設是提高建筑企業競爭力的重要手段。我國項目管理信息化建設仍處于起步階段，傳統管理模式仍有很大市場。信息化帶來的經濟效益尚未顯現，企業建設信息化工程需要不斷投入資金，因此許多建筑企業不重視信息化建設。

　　建筑企業對信息化的認識還不全面。目前，我國信息技術還不完善，建筑企業管理者對信息化建設的意義還沒有明確認識。在這種情況下，建筑企業貿然開展信息化建設，對信息化軟件不熟悉，對信息化建設人才利用不好，往往花費大量資金，但沒有為項目信息化建設做出太大改變，也不能很好地吸引和留住人才。
   

　　企業內部各部門之間的工作不協調，建筑企業項目管理信息化建設應定位于企業的整體，從企業的整體發展角度出發。然而，許多企業缺乏信息化建設的整體概念和系統規劃，只注重局部功能。專業管理只存在于企業的一個部門，不僅造成資源浪費，還導致部門之間信息溝通不暢。企業各部門無法保持一致性，工作流程被切斷，施工企業項目的全過程無法管理。建筑企業認為，定制開發的信息軟件比產品化的專業軟件更符合企業要求。定制開發軟件的特點是企業根據自身需求提出獨立的軟件系統需求，通過外包實現信息化建設，量身定制適合企業需求的信息系統。完全工業化設計與企業管理需求不一致，但定制開發的軟件也有自己的問題。理想的信息系統建設模式是大多數產業化積累的成熟產品和少量靈活的個性化需求，既能保證信息系統的先進管理理念，又能滿足企業自身的個性化需求。

　　基礎設施建設不足，缺乏相應的應的規范，國家對工程項目管理信息化缺乏有效的規范，許多工程項目條款涉及利益。在國家監督下，國家必須制定相應的規范體系，實現建筑工程行業項目管理信息化的規范化。