一是信息標準化問題。

　　隨著項目管理軟件和以項目管理軟件為核心的項目管理信息系統的深入應用，信息標準化已經成為當前需要解決的首要問題。在不同的軟件和系統之間，工程項目各參與者之間的數據信息無法共享，設計、施工和監理生產的數據無法交流，數據脫節，導致軟件應用過程中出現信息重復輸入、冗余信息大量存在、信息不一致等問題，使得各參與者在項目管理軟件的應用上舉棋不定，難以決策。這種情況嚴重阻礙了項目管理軟件的應用(或項目管理信息化)。顯然，解決這類問題的關鍵在于軟件技術，即軟件廠商之間標準的統一，更重要的是加強項目管理中信息的標準化管理，制定統一的信息規范。

　　二是管理理念方面的問題。

　　項目管理軟件和以項目管理軟件為核心的項目管理信息系統的應用能否成功，關鍵是要將先進的項目管理理念與項目管理實踐相結合。

　　三是建立整體應用觀念。

　　項目管理軟件和以項目管理軟件為核心的項目管理信息系統的應用是一個系統工程。項目參與者應建立以管理技術和管理基礎為先導，選擇合適的項目管理軟件或系統，實施和培訓并重的整體概念;提前系統的總體規劃是實現整個應用過程的技術途徑。

　　四是單元軟件和信息系統管理問題。

　　在項目管理軟件應用初期，往往注重對具有一定特定功能的項目管理軟件的投入。然而，隨著應用水平的不斷提高，用戶應逐步將重點轉向各種功能軟件和信息的集成和整合，即建立項目信息管理系統，而不是過于集中在單一軟件的應用上。

　　綜上所述，項目管理軟件和項目管理信息系統的應用是所謂的一把手工程，不僅是企業或項目的最高領導親自參與主持，也是整個決策層的參與。風險管理技術在工程項目管理中的應用正在逐步發展，從簡單的風險范圍估計方法到復雜的風險模擬分析，在工程中得到了一定程度的應用。