工程項目管理軟件有別于其他軟件，一般都需要進行基于中小企業的本地化修改，基于中國工程中小企業的現狀，在應用工程項目管理實施時通常存在著以下幾方面的問題:

　　盲目跟風上馬工程項目管理項目，決策不理性。

　　對工程項目管理認識不正確。很多公司并沒有深入的了解工程管理系統，只是“別人”用的好，聽說過此類產品，就貿然買回來。這些企業的領導可能認為工程項目管理軟件和辦公軟件一樣，買回來就能用，這很顯然是一種想當然的觀點。

　　工程項目管理的核心是優化管理。很多領導對工程項目管理如何提升和幫助企業并不了解不夠。沒有對企業內部管理現狀進行充分分析，選擇適合的軟件并推進，而且在購買時盲目追求大而全，忽視基于企業需求的本地化工程項目管理實施，也忽視了人員的培訓和業務流程再造。這種舍本逐末的作法，帶來的必然是工程項目管理系統的應用失敗。

　　缺乏需求分析和可行性分析。

　　很多中小型企業在進行工程項目管理系統的引入時，不考慮企業實際需求，不進行可行性分析，在企業條件不具備的情況沒有做針對性改進，在應用時才發現產品和企業的實際情況和需求相去甚遠，想要改變幾乎不可能，工程項目管理對企業的發展起到了負面作用，最終為此付出了昂貴的學費。

　　第三，工程項目管理首先是管理科學，工程項目管理的管理思想可能和中小型企業的當前管理流程存在一定的沖突——工程管理系統引用的主要目的是簡化工作流程，但部分中小企業更看重的各級對下級的控制權。因此引入系統后反而會感覺到不適應。最終形成系統雖然上線工程項目管理,但是還繼續存在另一套原有的手工業務流程，并長期并行運行，為企業管理帶來混亂和浪費，業務操作人員也不堪重負。

　　(2)資金短缺

　　首先，中小企業對工程項目管理預算不足。工程管理系統是一項復雜的系統工程，投資并不是想象中的一次性購置費用就可以滿足。服務器、維護、培訓費用等都是一筆不小的開支。有些企業過于在乎短期效益——在短期內不能獲得收益的工程都不敢全面投入，由此帶來資金缺乏問題，則成為困擾中小企業推進信息化的難題。

　　其次，中小企業籌資困難是普遍現象。中小型企業預算少、利潤薄、對于虧損與盈利的敏感程度遠大于大企業，傳統的工程項目管理應用模式需要中小企業購置硬件、軟件、實現系統集成和長期維護，綜合算起來，可能會產生數十萬的成本，這也使許多中小企業望而卻步。

　　(3)管理基礎薄弱

　　不少中小企業是以家庭企業或是鄉鎮企業的形式發展過來的，人治大于法制，管理薄弱、管理制度和業務流程均不規范。由于工程項目管理的管理理論基礎是供應鏈管理，而供應鏈牽涉到企業的采購、供應、財務、人力資源、生產、設備、銷售等。因此沒有良好的管理基礎而貿然實施工程項目管理，極有可能水土不服，對于企業來說是弊大于利的。

　　(4)對工程項目管理的投資回報期望存在偏差

　　部分引入工程管理系統的公司迷信工程項目管理是萬能的，認為只要引用了系統，企業的管理問題都可以通過實施工程項目管理來解決。實際上工程項目管理系統僅僅是一套管理系統只能幫助解決企業競爭中德邦邠問題。

　　(5)員工素質較差，專業人才缺乏

　　不管系統如何，最終還是落到員工執行。部門企業的員工缺乏專業素養和職業技能，需要即懂信息技術又懂管理的復合型人才對系統進行管理、維護乃至二次開發。

　　但現實中小企業非常缺乏此類人才。管理層和業務人員的素質無法適應工程項目管理的要求首先，企業業務人員缺乏培訓，對于新的管理思想和技術知識不清楚、不理解。

　　其次，工程項目管理系統是對企業流程的升級再造，而企業管理層通常局限在傳統的管理方法、體制和思維上，從而造成了在引入工程項目管理系統時，給予了企業錯誤的引導方向。

　　最后，由于中小企業各部門職責不清，在實施工程項目管理的過程中，由于涉及到一些部門權責利的變動，甚至工程項目管理系統的本身，就是將部門被員工利用職權暗自侵占的公司利益擺在明面上，還歸公司因此造成一些員工或明或暗地抵制工程項目管理的實施，各部門互相推諉責任，最終造成信息化進程的失敗。

　　(6)工程項目管理實施周期過長，缺乏有效的項目管理

　　工程項目管理實施應用過程非常復雜，需要進行軟件定制、硬件安裝和服務器建設，還會牽涉到企業的管理理念、工作習慣和工作方式等諸多方面的轉變。且由于生效周期長、工程項目管理購置和實施資金投入大，效果卻難立竿見影，這會對推行工程管理系統帶來非常大的壓力。